濾膜法的大致流程：用濾膜過濾待測水樣→水樣中的細菌留在濾膜上→將濾膜轉移到EMB培養基上培養→統計菌落數目

1.濾膜與濾器的滅菌

（1）將濾膜放入燒杯中，加入蒸餾水，于沸水浴中煮沸滅菌三次，每次15分鐘。前二次煮沸后需換水洗滌2-3次，以除去殘留的溶劑。

（2）濾器滅菌，用點燃的酒精棉球火焰滅菌，也可用紗布和牛皮紙包裝好于121℃蒸汽下，高壓滅菌20分鐘

2.分離培養

（1）過濾水樣（海水、飲用水、自來水，水庫水及各種水源水），用滅菌鑷子夾取滅菌濾膜邊緣，使粗糙面向上，貼放于已滅菌的濾器上，穩妥地固定好濾器，將水樣注入濾器內，加蓋，打開濾器閥門，在負0.4大氣壓下抽濾，水樣抽完后，再抽氣5秒鐘，關上濾器閥門，取下濾器。

（2）用滅菌攝于夾濾膜邊緣，移放在EMB培養基平板培養基上，使濾膜的截留細菌面向上，另一面緊貼培養基，兩者之間不得留有氣泡，重復以上的步驟，再接種一、二個平板，倒置培養皿于37℃下培養20-24小時。

（3）原理：大腸桿菌在含有伊紅美藍的固體培養基（EMB培養基）上長出的菌落呈黑色。

3.含量（污染程度）的計算

1毫升水樣中的大腸桿菌群數等于濾膜上生長的大腸桿菌群的菌落平均數乘以稀釋倍數，最后除以樣品的毫升數，即得。

例如，無菌操作下將90ml無菌水加入到10ml待測水樣中，這樣就將待測水樣稀釋了10倍，將稀釋后的菌液通過濾膜法測得EMB培養基上的菌落數為45，黑色菌落為5，根據大腸桿菌鑒定的原理可知，黑色菌落為大腸桿菌，因此1升待測水樣中的大腸桿菌數目=5×（1000÷10）=500個。